学生に執筆して頂いている ... http://krebs.iab.keio.ac.jp/Work/Texts/GenomeScience_text1_1.pdf

いろいろ網羅されているが、2万円くらいする。 https://www.asakura.co.jp/books/isbn/978-4-254-12229-9/ https://www.amazon.co.jp/%E5%8C%BB%E5%AD%A6%E7%B5%B1%E8%A8%88%E5%AD%A6%E3%83%8F%E3%83%B3%E3%83%89%E3%83%96%E3%83%83%E3%82%AF-%E4%B8%B9%E5%B…

NMRの原理を理解するために... でもスピンと逆方向?

基本的なところから調べねば ... https://en.wikipedia.org/wiki/Mass_spectrometry_data_format http://tools.proteomecenter.org/wiki/index.php http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/mzR.html https://www.bioconductor.org/help/course-…

学生の一人は以下を使用しているらしい: http://scikit-learn.org 本屋では以下をよく見かける: https://www.tensorflow.org/

このテキストがマトモになれば ... http://krebs.iab.keio.ac.jp/Work/Texts/IAB_metab_train1_1.pdf

*1 # ← 規模 OR *2 OR (transcriptome[All Fields] AND (translation[All Fields] OR proteome[All Fields]) AND (network[All Fields] OR correlation[All Fields])) *1:regulatory[ti] OR interaction[ti] OR epistatic[ti] OR genetic[ti]) # ← 興味の主…

元同僚が確かここでデータ解析について勉強しているんだっけな https://www.thedataincubator.com/

It is important to adhere to good research practices. When analyzing your data, stick to your research questions and avoid searching for significant results (i.e., data mining). 以下の資料より引用: Research in Environment, Active Aging & C…

スペイン語でよく分からん http://redinren.org/

miRNA等のncRNAもCKDに関わっているという研究が蓄積されつつある.

注目している系の状態の全体または一部を というn個1組のパラメータ(pj=Tまたはpj=F)で記述できるものとする。nは∞であってもよい。Ωはsの全ての可能な状態の集合である。 また、あるsのパラメータpjの値をs[j]で表す。さらに、 このとき、

2つのベクトルvx, vyを考える。 余弦定理より、 従ってvx, vyの内積は、 もっとも内積の一般概念については、計量ベクトル空間の理論を勉強すべきだろう。

まずは以下の2つのベクトルva,vbは直交することを前提(公理?)とする。 1次元ベクトルv1の長さは、 k次元ベクトルvkについて が成立するならば、(k+1)次元ベクトルvk+1については上記の前提および三平方の定理より、 となり、(k+1)次元ベクトルについても成立…

高校で習う余弦定理はいろいろ使えそうだ。 上の図で垂線xの自乗は三平方の定理より、 と2通りに表現できる。(1)=(2)より、 または を得る。

統計に関する電子書籍がどっさり http://ebsa.ism.ac.jp/ebooks/ebook/

未だにIPI IDを使用しているデータが散見される。既にIPIのメンテナンスは終わっているのに...。 IPIの最後のバージョンのデータベース参照テーブルをダウンロードするのが手っ取り早いかも知れない。以下、ヒトのデータ。 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/database…

帰国後、日本の情報を仕入れるために、まずは低俗な(?)週刊誌を購入。どこまで鵜呑みしていいか、分からないが、ワトソン博士の興味深いインタビュー記事が載っていたので、メモしておこう。 週間現代 2013 9・21/28 p.162-165 「世界の知性」に聞く 第3回 …

これで様々なデータをKEGGから取得できそうだ。 http://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html ヒトグローバル代謝経路の例: http://rest.kegg.jp/get/hsa01100/kgml もっとも料金を払えば、ftpのサービスがあるらしいが...。

熱は熱いところから冷たいところにしか流れない―これが熱力学の第2法則だったと思う。しかし例えば夏なら冷房の効いた部屋に外から熱気が入ってくるだろうが、冬なら冷気が暖かい室内に入ってくるのだから、これはおかしくないか？とかつて混乱してしまった。…

英語の自然科学の論文ではよくartifactという言葉が出てくる。元々は人工物という意味だが、論文中で使われているニュアンスとは少し違う。 うまい日本語訳がないか、ずっと気になっていた。 Wikipediaには、「自然を対象とするはずの自然科学において、意図…

2011年3月、震災によって福島第一原子力発電所の一部の施設が水素爆発を起こし、大量の放射能がまき散らされてしまった。それから約2年が経過した今でも放射能によって多くの住民が避難を余儀なくされている。 一体放射能はいつなくなるのか。 残念ながら私…

1. 発端 数学的あるいは算数的な議論の場でしばしば起こる0.999... = 1論争。私が初めて気づいたのは、中学生のとき。x = 0.999... とおいて両辺を10倍すると、10x = 9.999... になるが、この両辺から先ほどの式の両辺を引いて9x = 9、従ってx = 1。当時私は…

腎臓の研究にもシステム生物学の考え方・手法が取り入れられる時代になっている。 http://chianti.ucsd.edu/~rsaito/ENTRY1/WEB_RS3/PDF/JPN/Texts/kidney1_4.pdf 腎臓の解析にFBA(Flux Balance Analysis, 代謝流束均衡解析)を使った例もある。

UCSC Genome BrowserのToolsからLiftOverを選択し、マウスのゲノム座標入力。 Custom Tracksからもいろいろ便利なことができそうだ。

http://www.yeastgenome.org/ の右上検索ボックスで、 osmotic などと入力する。 このまま Create list in YeastMine を押してもいいが、さらに気になるGOを選んで、 Search for S. cerevisiae genes annotated, by the Manually curated or High-throughput…

そういえば、昔PythonからPerlを利用する方法を作った気がする。 http://www.bioinfo.sfc.keio.ac.jp/class/genpro/Texts/Python_Perl1.pdf かなり強引....。

研究室の大学院生アンディー・グロス君はPython使いの一人だ。彼はグラフ理論を使って疾患の解析に取り組んでいる。彼は優秀な大学院生の一人でもある。 先日彼が作ったプログラムを提供して頂いた。彼はこんなパッケージを使っていた。 numpy scipy network…

細胞の中に存在する膜は細胞区画の内容物が細胞外部や区画外に流出するのを防ぐだけでなく、シグナル伝達やエネルギー代謝など様々な役割を持っている。以下のテキストはその膜の機能に関して易しく記述している。 「膜の構造と機能」 http://chianti.ucsd.e…

統計学は自然科学、社会科学、人文科学などあらゆる分野に応用できる可能性を秘めた学問分野であり、これを習得することには大変大きな意義がある。 統計の数理的な側面を深く勉強すれば、データの見方が変わってくるし、独自の統計処理を設計できるようにな…