事前に以下をインストールする必要があるかも知れない。 sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev sudo apt-get install libxml2-dev sudo apt-get install -y libnetcdf-dev

https://www.cell.com/COVID-19

こんな感じだろうか。 library(xcms) tmp_mspecs <- list(matrix(1:10, ncol = 2), matrix(2:11, ncol = 2), matrix(3:12, ncol = 2)) tmp_colnams <- c("seqNum", "acquisitionNum", "msLevel", "polarity", "peaksCount", "totIonCurrent", "retentionTime…

いろいろ網羅されているが、2万円くらいする。 https://www.asakura.co.jp/books/isbn/978-4-254-12229-9/ https://www.amazon.co.jp/%E5%8C%BB%E5%AD%A6%E7%B5%B1%E8%A8%88%E5%AD%A6%E3%83%8F%E3%83%B3%E3%83%89%E3%83%96%E3%83%83%E3%82%AF-%E4%B8%B9%E5%B…

基本的なところから調べねば ... https://en.wikipedia.org/wiki/Mass_spectrometry_data_format http://tools.proteomecenter.org/wiki/index.php http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/mzR.html https://www.bioconductor.org/help/course-…

*1 # ← 規模 OR *2 OR (transcriptome[All Fields] AND (translation[All Fields] OR proteome[All Fields]) AND (network[All Fields] OR correlation[All Fields])) *1:regulatory[ti] OR interaction[ti] OR epistatic[ti] OR genetic[ti]) # ← 興味の主…

miRNA等のncRNAもCKDに関わっているという研究が蓄積されつつある.

未だにIPI IDを使用しているデータが散見される。既にIPIのメンテナンスは終わっているのに...。 IPIの最後のバージョンのデータベース参照テーブルをダウンロードするのが手っ取り早いかも知れない。以下、ヒトのデータ。 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/database…

これで様々なデータをKEGGから取得できそうだ。 http://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html ヒトグローバル代謝経路の例: http://rest.kegg.jp/get/hsa01100/kgml もっとも料金を払えば、ftpのサービスがあるらしいが...。

英語の自然科学の論文ではよくartifactという言葉が出てくる。元々は人工物という意味だが、論文中で使われているニュアンスとは少し違う。 うまい日本語訳がないか、ずっと気になっていた。 Wikipediaには、「自然を対象とするはずの自然科学において、意図…

UCSC Genome BrowserのToolsからLiftOverを選択し、マウスのゲノム座標入力。 Custom Tracksからもいろいろ便利なことができそうだ。

http://www.yeastgenome.org/ の右上検索ボックスで、 osmotic などと入力する。 このまま Create list in YeastMine を押してもいいが、さらに気になるGOを選んで、 Search for S. cerevisiae genes annotated, by the Manually curated or High-throughput…