昔はAstec-Xを高い金を払って購入していたが、今はフリーのソフトがいくつか出ている。私はcygwinのX11等も使った事があるが、ここでは、Xmingを紹介する。 (1) WindowsでXmingを起動し、タスクバーなどでXmingが走っていることを確認。 (2) SSH接続ソフトを…

easy_install -d ~/Library/Python/lib/python2.6/site-packages -U pandas

リモートログインして使うときや、ターミナル、X11を経由するときは、~/.bash_profileを設定すればいいが、アプリケーションを直接起動するときはどうやら~/.bash_profileは読み込まれない模様。 Mac OS X起動時に環境変数を自動設定したいときは、 echo "" …

if文の行ののスペースの位置にかなり気を使う。 #!/bin/bash str1="abc" str2="abd" if "${str1}" == "${str2}" then echo "Hit!" fi

ライブラリの例： $ ls ${HOME}/Library/lib libigraph.a libigraph.so libigraph.so.0.0.0 libigraph.la libigraph.so.0 pkgconfig $ 以下のように設定： export LD_LIBRARY_PATH=${HOME}/Library/lib

configure, setup.py共に--prefixが使えるようだ。 ./configure --prefix=~/local_dir python ./setup.py install --prefix=~/local_dir

R5で参照渡しができるようになったようだ。 setGeneric("bonus", function(object, add = 100) standardGeneric("bonus")) Counter1 <- setRefClass("Counter1", fields = list(ct = "numeric", remark = "character")) Counter1$methods(initialize = funct…

パッケージの検索: apt-cache search keyword パッケージのインストール: sudo apt-get install package-name インストールされているパッケージの一覧表示: dpkg --get-selections パッケージの削除: sudo apt-get --purge remove package-name

rpy2のディレクトリに入り、 sudo env ARCHFLAGS="-arch i386 -arch x86_64" python setup.py build install

ダルビッシュを観たい、という奥さんの要望に応えるべく、今日は仕事を早めに切り上げ、試合の半ばからペトコ球場へ入場。ダルビッシュがサン・ディエゴで投げるのは初めてである。 投球練習をするダルビッシュ。 打席に立つダルビッシュ。 見事勝利投手に。…

find ./Python_Related -name '*.py' -print -exec cp \{\} ./TMP/ \; \{\}は見つかったファイルを表す。 \;はコマンドの終わりを表す。

簡単なカウンターの実装。こんな感じかな。 setGeneric("count", function(object, add = 10) standardGeneric("count")) setClass("Counter1", representation(ct = "numeric", remark = "character")) setMethod("initialize", "Counter1", function(.Obje…

ミステリー好きな小学生 私が小学生のとき、小学館から出版されていた、和巻耿介著「世界ミステリーゾーン」という本を買って夢中で読んだ。 その本には、雪男、バミューダ魔の三角海域、UFＯ、幽霊など現代科学で解明できない謎が超能力、宇宙の謎、大自然…

http://igraph.sourceforge.net/igraphbook/igraphbook-install.html 自分のホームディレクトリにインストールするなら、 install.packages("igraph", lib="~/.R/library") Rのライブラリパスの追加。 .libPaths( c("~/.R/library", .libPaths()) ) これを~/…

factorの見かけは文字列でも、実体は整数？ > tmpf = factor(c("apple", "banana", "apple", "candy", "banana", "donut")) > tmpf [1] apple banana apple candy banana donut Levels: apple banana candy donut > as.numeric(tmpf) [1] 1 2 1 3 2 4 >

setClass("Person", representation = representation(Name = "character", Age = "numeric", Male = "logical")) taro1 = new("Person", Name = "Taro", Age = 10, Male = T) taro1@Age --> 10が返ってくる。

対話的に現在保存されているオブジェクトを全て削除するには、 R: rm(list = ls()) Matlab: clear

日本にいる時は飲み会の幹事をよくやったものだ。特に酒の美味しい鶴岡ではよく飲み会を企画した。 先日はアメリカに来て初の飲み会幹事をやった。といっても、お誘いの連絡をしただけだったが。 集まったのはアンディー、コーイェル、ディエター、ドロシア…

そういえば、昔PythonからPerlを利用する方法を作った気がする。 http://www.bioinfo.sfc.keio.ac.jp/class/genpro/Texts/Python_Perl1.pdf かなり強引....。

研究室の大学院生アンディー・グロス君はPython使いの一人だ。彼はグラフ理論を使って疾患の解析に取り組んでいる。彼は優秀な大学院生の一人でもある。 先日彼が作ったプログラムを提供して頂いた。彼はこんなパッケージを使っていた。 numpy scipy network…

http://pymol.sourceforge.net/

NATがタイムアウトするデフォルト時間が15分に設定されています。そういう時はadministratorになってから、 show nat descriptor address コマンドでディスクリプタ番号を調べ、 nat descriptor timer 200 3600 という感じに変更すると、時間を延ばすことが…

コンピュータ名 → 詳細でDNSプライマリサフィックス名を変えてドメイン名をつける。 /etc/resolv.confでsearch xxx.keio.ac.jp等。

UCSC Genome Browser lib/errCatch.c (int) -> (long int) int pid = (long int)pthread_self(); hgSuggest/hgSuggest.c 74行目：safef(previous, sizeof(previous), "%s", row[0]);

WindowsのTera TermでSnow Leopardにログインするときは「チェンジレスポンス認証を使う」

setsebool -P samba_enable_home_dirs=1 の操作が必要。 ;[public]のセミコロンを取るのを忘れずに。

1. Snow Leopardに対応したX-CodeでMac OS 10.4の開発環境もインストール 2. Rのインストール Snow leopardでRのコンパイル ./configure r_arch=x86_64 CC="gcc -arch x86_64 -std=gnu99" CXX="g++ -arch x86_64" OBJC="gcc -arch x86_64" F77="gfortran -ar…

php.ini POST最大サイズなども設定する。

Parallelsプルダウンメニューの環境設定より、「キーボードとマウス」を選び、「Mac OS Xシステムのショートカットキーを有効にする」をOFFにする Microsoft IME standard 2003のプロパティ→設定から、無変換をIMEオフに設定する。

(今はenthoughtを使うとか、もっと効率的な方法がある) ・BLAS mkdir -p ~/src/blas cd ~/src/blas wget http://www.netlib.org/blas/blas.tgz tar xzf blas.tgz # When using GNU compiler: g77 -fno-second-underscore -O2 -c *.f # OR # On 64 bit system…