Macのプレビューで対象PDFファイルを開き、PDFで他のファイルに書き出す。

さらに、私が所属しているもう一つの腎臓医の研究室でも、日本人が私も含めて二人。他はPIを除いて女性という偏りっぷり。 しかも研究室では日本人は基本的に全員静かである。やっぱり日本人は無口なんだね、と思われてしまいそうだ。 数ヶ月前から私はUCSD…

XQuartzをインストールし、XQuartzから /Applications/MATLAB_R2008b.app/bin/matlab -maci -desktop

金曜日の夜。仕事を終え、研究室の秘書さん、同僚と3人でドイツの伝統オクトーバーフェストへ。ビールを片手に美味しいソーセージを頬張り、ダンスにも参加し、楽しい夜だった。

~/.MacOSX/environment.plistはもはや無効のよう。 代わりに、 /etc/launchd.conf に setenv VARIABLE VALUE のような行を入れる。

(1) AppStoreからXcodeをインストール (2) R言語をインストール (3) EnthoughtからPythonをインストール (4) rpy2をダウンロードして展開し、以下を入力。 sudo env ARCHFLAGS="-arch i386 -arch x86_64 -I/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Platf…

「ブラシ」パレットの「ブラシストロークの削除」を選択する。

大学院生のAndy君にEnthoughtについて教えてもらった。 http://www.enthought.com/ から一式をダウンロードできる。またはeasy_installを使えば、root権限なしでもローカルにインストールできる。 ipython notebook --pylab inline などでブラウザをノートと…

UCSC Genome BrowserのToolsからLiftOverを選択し、マウスのゲノム座標入力。 Custom Tracksからもいろいろ便利なことができそうだ。

直後にスペースを空けて記述。 例： Ridderstr\aa le

Javaの経験はとても浅いし、しばらく触っていないが、ラボ訪問中の日本人学生を多少なりともサポートするため、Javaを勉強する事にした。 まずは、test1というフォルダーの下に、"Hello1.java"という以下のテキストファイルを作る。 package test1; public c…

Visual Studio 2005をインストールしていると起こる問題の模様。 修復するには、システムのプロパティから、詳細設定タブを選び、パフォーマンスの設定ボタンを押し、データ実行防止から、「次に選択するものを除くすべてのプログラムおよびサービスについて…

ここからソフトをダウンロードする。 http://xquartz.macosforge.org/

米国の研究室の国籍は多種多様だ。昨年度私が入った年はアメリカ人以外では、ドイツ人が3名、中国・台湾人が3名、インド人2名、日本人2名、その他ポーランド、イスラエル等。 先日日本から3ヶ月滞在予定で学生が一人来た。現在ドイツ人は1人、中国・台湾人は…

色の異なる複数の線をブレンドし、ブラシに登録する。線を描いた順序でブレンドの順番も決まる。

> tmpvec = c(1,5,2,3,4) > rank(tmpvec) [1] 1 5 2 3 4 > order(tmpvec) [1] 1 3 4 5 2 > tmpvec[order(tmpvec)] [1] 1 2 3 4 5 >

gcc -I/usr/X11R6/include -c filename.c gcc -L/usr/X11R6/lib filename.o -o filename -lX11 とする。以下は、Makefileの例： INCLUDE = /usr/X11R6/include LIB = /usr/X11R6/lib sorg: sorg.o sorgar.o rsgraph3.o g++ -L${LIB} sorg.o sorgar.o rsgraph…

http://www.yeastgenome.org/ の右上検索ボックスで、 osmotic などと入力する。 このまま Create list in YeastMine を押してもいいが、さらに気になるGOを選んで、 Search for S. cerevisiae genes annotated, by the Manually curated or High-throughput…

R言語でGUI開発を行うなら、他にqtbaseを使うという方法もありそうだ。 ただ、何故かMac (Lion)にqbaseをインストールできなかった。

これは現在ちょっと厄介かもしれない。 R言語をインストールした後、 http://r.research.att.com/ から http://r.research.att.com/libs/GTK_2.18.5-X11.pkg をダウンロードしてインストール。 export PATH=/Library/Frameworks/GTK+.framework/Resources/bi…

私の呼びかけで昨晩Rock Bottomで飲み会を開催。参加者5名のうち、3人はドイツ人。 "How do you say cheers in Japanese?" "Kampai. It means 'dry your glass'." "That's really straightforward. I like that." ビールをピッチャーでグビグビ。ショットグ…

bsxfunやnum2cellを工夫して使うのが1つの方法のようだ。 function ret = apply_rs1( imat, margin, ifunc) %R-like apply function but be careful, the output may be different from that of R. % % Ex. % apply_rs1(m, 1, @(x) x - mean(x)) ... Equival…

これをポイントテキストというらしい。詳しくは、googleへ。

これをタイル印刷(tiling)というらしい。Adobe Acrobat (有償)ではこれが手軽にできる模様。もちろん、Illustratorでも可能だ。分割したページをPDFに保存する事も可能。以下にその例を示す(Adobe CS1)。

Matlabでは必ずしもinstance.methodの形式でメソッドを呼び出さなくてもいいようである。 classdef testclass2 < handle properties (SetAccess = private) counter end methods function CT = testclass2(initial_num) CT.counter = initial_num; end funct…

ごく最近同級生が暇つぶしに書いた短編小説です。最初の挨拶文は気にしないで下さい。 http://park.geocities.jp/golgo8128/Novel/Morito_Rin1.html

strcmpを使う。 strcmp('abcde', 'abcxyz') ==を使えるのは、文字列の長さが同じときだけ。 'abcde' == 'abcxyz'はエラーになる。 '' == ''は[]となることにも注意。

>> [1,2,3] + [4,5,6] ans = 5 7 9 となるので、 >> 1:3 ans = 1 2 3 >> 4:6 ans = 4 5 6 より、1:3 + 4:6は[5,7,9]になるかと思いきや、 >> 1:3 + 4:6 ans = 1 となってしまう。R言語でもこんなことは起こらない。 どうやら、 1:(3+4):6 と解釈されているよ…

classdef testclass_method_override1 properties h end methods function TC = testclass_method_override1(k, v) TC.h = containers.Map(k, v); end function okeys = keys(TC) okeys = keys(TC.h); end function ovalues = values(TC) ovalues = values(T…

恐怖のウィンドウショッピング。射撃場があったが、初心者が指導も受けずにいきなり撃つのはやはり怖い。 ちなみに昔日本人留学生が訪問先の家を間違えて、不法侵入とみなされて射殺される事件が起こったが、大学のみんなの話を聞いていると、アメリカはどう…