2013-01-01から1年間の記事一覧

R言語:複数種のデータの簡単なプロット

x1 = 1:10 y1 = 11:20 categ1 = factor(c("A","A","B","B","A","A","B","A","B","A")) plot(x1, y1, pch = c(2,20)[ categ1 ], col = c("blue","red")[ categ1 ]) legend("topleft", legend=levels(categ1), pch = c(2,20), col=c("blue","red"))

KEGG API

これで様々なデータをKEGGから取得できそうだ。 http://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html ヒトグローバル代謝経路の例: http://rest.kegg.jp/get/hsa01100/kgml もっとも料金を払えば、ftpのサービスがあるらしいが...。

R言語:同じ種類の行を平均してまとめる

昔は骨折り仕事だったが、Rではaggregateという便利な関数がある。 install.packages("plyr") library(plyr) tmpmat1 <- matrix(c(1,2,3,1,4,5,2,4,6,2,5,5,3,8,8,1,2,2), ncol = 3, byrow = T) rownames(tmpmat1) <- c("Row #1","Row #2","Row #3","Row #4"…

カタリーナのラボ合宿2013

今月中旬行われた合宿。 青空の下の海岸。 セッション中の議論。 支給される昼飯。

MATLAB 2008b uint32の挙動

例え相手が小数でも小数以下は四捨五入されて無理矢理整数に直されてしまうらしい。 >> uint32(1) + 2.5 ans = 4 >> uint32(0:9) / 10 ans = 0 0 0 0 0 1 1 1 1 1

macportエラー: can’t read “build.cmd”

以下のエラーが出た時は、 Unable to execute port: can’t read “build.cmd”: Failed to locate ‘make’ in path: ‘/opt/local/bin:/opt/local/sbin:/bin:/sbin:/usr/bin:/usr/sbin’ or at its MacPorts configuration time location, did you move it? Xcode…

独立記念日ーサンディエゴカウンティーフェアへ

去年に引き続き、今年も来てしまった。 軍人によるコンサート。 すごい人だかり。 最後は花火。

sshポートフォワーディング

X11のポートフォワーディング: ssh -Y loginname@servername ssh -X loginname@servername (拡張情報保護制御有効) 外部から公開サーバpub.univ.ac.jpを介してLAN内部のhttp://labwebserver.univ.ac.jpへのアクセス: ssh -L 10080:labwebserver.univ.ac.jp:8…

MATLAB R2008b (Mac) hygecdfの奇妙な挙動

K>> 1-hygecdf(19, 38632, 3512, 40) ans = 0 K>> 1-hygecdf(19, 38632, 3512, 39) ans = 0 K>> 1-hygecdf(19, 38632, 3512, 38) ans = 2.2226e-11 K>> 1-hygecdf(19, 38632, 3512, 37) ans = 0 K>> 1-hygecdf(19, 38632, 3512, 36) ans = 4.9345e-11 K>> 1-…

Adobe Photoshop 背景を透明に

インデックスカラーモードにして、カラーテーブルで背景色にしたい色をスポイトで選ぶ。

アメリカの検便の方法

これを使う...ちょっとセンスがない。 日本の検便では、便器に浮く紙を使うので、まだだいぶやりやすかった。

休日近所の遊歩道

観光地に来たような気分。やはりここは良いところだ。

dvioutのインストール

OptionプルダウンメニューからInstallを選択。 TEXROOT: C:\w32tex\share\texmf-dist\fonts TEXPK: ^r\tfm\\^s^tfm;^r\pk\\^s.^dpk;^r\vf\\^s.vf;^r\ovf\\^s.ovf;^r\tfm\\^s.tfm を入力。 その他(gen,gsx)は入力欄を空欄にしてから、automatic searchを行っ…

eclipse起動時のJava was started but returned exit code=1

eclipse.iniに以下を記述。記述行にも注意。 openFile -vm C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_21\bin\javaw.exe -vmargs

MATLAB Winをコマンドラインで実行

Windowsのコマンドプロンプトから呼び出す例: matlab -nodesktop -nosplash -r "fprintf('1+2=%d\n', 1+2); exit;" MATLAB command windowが起動し、その中で1+2=3と表示された直後にwindowが閉じる。関数を呼び出すところは二重引用符を使う。 Windowsマシ…

Windows 7 Windows XPモードのユーザ名

XPMUserというユーザー名が使われる。

Cygwinでコンパイルしたプログラムをコマンドプロンプトから実行

Cygwin1.dllがあるフォルダーをPATHに追加する。 MinGWやMSYSを使う手もあるらしいが...。

Cytoscape AbstractTaskがなかなか飲み込めず

タスクバーの表示などもやってくれるようだ。 Swingのダイアログウィンドウを開いてしまうと、その上にタスクバーが表示されてしまう。ダイアログウィンドウもタスクの一部と見なされ、closeを押すまでタスク実行中と見なされるからだろうか。

anaconda ipython notebook Macからの起動

ターミナルから呼び出す場合は、 export LANG="it_IT.UTF-8" export LC_COLLATE="it_IT.UTF-8" export LC_CTYPE="it_IT.UTF-8" export LC_MESSAGES="it_IT.UTF-8" export LC_MONETARY="it_IT.UTF-8" export LC_NUMERIC="it_IT.UTF-8" export LC_TIME="it_IT.…

MATLAB compiler (Mac版)に関するもろもろ

- MATLAB runtimeのインストール後に行う環境変数の設定 On the target computer, append the following to your DYLD_LIBRARY_PATH environment variable: /Applications/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v80/runtime/maci64:/Applications/MATLAB/MATLAB_C…

cygwinでsshd設定

- 必要なパッケージも含めてcygwinをインストール - cygwinを管理者として実行 - ssh-host-config - cygrunsrv -S sshd Privilege separationを使った。 Enter the value of CYGWIN for the daemonのところは、ntsecとすれば問題なさそうだ。 その後、22番ポ…

MATLAB Win compiler インストール直後の注意書き

1. The following products require a supported compiler: MATLAB Compiler 4.18 Stateflow 8.0 Simulink Coder 8.3 MATLAB Coder 2.3 2. Simulink requires a C compiler for simulation acceleration, model reference, and MATLAB Function Block capabi…

生まれ変わったWhole Foods

ちょっとしたバーのようなレストランができていた。今度軽く飲んでみたい。

熱の一方向性が初心者には分かりづらい

熱は熱いところから冷たいところにしか流れない―これが熱力学の第2法則だったと思う。しかし例えば夏なら冷房の効いた部屋に外から熱気が入ってくるだろうが、冬なら冷気が暖かい室内に入ってくるのだから、これはおかしくないか?とかつて混乱してしまった。…

近所の鴨

普通に鴨が歩いている。

窓から見えた番の鳥

自宅の窓より。

アメリカにお見合いは存在する?

ずっと前UCSDでこんな張り紙を見つけた。 ちなみにネットで恋人を見つけるのは普通に行われているようだ。

UCSDの大規模水漏れ

どこの水道管から漏れたのか、分からないが、私の靴がずぶ濡れに。この前もビルの水道管が壊れて上の階から大量の水が流れているのを見た。

キタない足とかわいい足

う~ん、見るからに私の足は汚い...。使い込んだものと、新品の違いのようなものか...。

Javaのインターフェースの利点とは?

Javaのインターフェースの利点がイマイチ分かりにくい。その道のプロに聞くと、継承の代わりに使われることが多くなったとか。 ただ、メソッドの引数にインターフェース型を使えるという点が一つの便利さかも知れない。 --- GreetingMessages1.java --- pack…