BioConductorのパッケージをソースからインストール
rtools40 (https://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/)をインストールし、Rから
writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"', con = "~/.Renviron")
と打ち込んで、
BiocManager::install("package_name", type = "source", checkBuilt = TRUE)
とやるのがいいだろうか。