簡単なmzMLファイルを生成する

バイオインフォマティクス

こんな感じだろうか。

library(xcms)

tmp_mspecs <- list(matrix(1:10, ncol = 2),
matrix(2:11, ncol = 2),
matrix(3:12, ncol = 2))

tmp_colnams <-
c("seqNum", "acquisitionNum", "msLevel", "polarity",
"peaksCount", "totIonCurrent", "retentionTime", "basePeakMZ",
"basePeakIntensity", "collisionEnergy", "ionisationEnergy",
"lowMZ", "highMZ", "precursorScanNum", "precursorMZ",
"precursorCharge", "precursorIntensity", "mergedScan",
"mergedResultScanNum", "mergedResultStartScanNum",
"mergedResultEndScanNum", "injectionTime", "filterString",
"spectrumId", "centroided", "ionMobilityDriftTime",
"isolationWindowTargetMZ", "isolationWindowLowerOffset",
"isolationWindowUpperOffset", "scanWindowLowerLimit",
"scanWindowUpperLimit")

tmp_header_pre <- matrix(ncol = length(tmp_colnams),
nrow = length(tmp_mspecs))
tmp_header_pre[,1] <- seq(1, length(tmp_mspecs))
tmp_header <- as.data.frame(tmp_header_pre)
colnames(tmp_header) <- tmp_colnams
class(tmp_header$filterString) <- "character"
tmp_header$centroided <- FALSE
writeMSData(object = tmp_mspecs,
file = "tmp.mzML",
header = tmp_header)

mzMLファイルの仕様に関しては、http://psidev.info/mzML 参照。

ヘッダーに関する説明は https://rdrr.io/bioc/mzR/man/peaks.html にあった。

 

 

授業用online poll

コンピュータ設定・操作

このご時勢の授業に使えそうなもの。poll online class real time等のキーワードで探す。

https://directpoll.com/

2018-08-27に書いた記事も参照。

本当は、google formをうまく使えれば、一番いいのだが ...。

 

 

TeX - dviout もはや非推奨?

コンピュータ設定・操作

xdviやdvioutはdviプレビューの時に重宝していたのだが。

現時点で最新のgs9.52では動かず。gs9.27のgswin32cでは動いた。

TEXROOTは、

c:\InstalledFolder\TeX\share\texmf-dist\fonts;c:\InstalledFolder\TeX\share\texmf-local\fonts

のように設定。

 

django環境でモジュールを実行する

コンピュータ設定・操作

基本的には、manage.pyの一部を真似る。

 

import django

if django_proj_home not in sys.path:
   sys.path.insert(0, django_proj_home)
os.environ.setdefault('DJANGO_SETTINGS_MODULE', 'MyDjangoSite.settings')
django.setup()

参考:

https://docs.djangoproject.com/en/3.0/topics/settings/